Ya se observa en él una cierta desconfianza hacia lo que más tarde llamará «la justicia por las obras» o «la justicia personal». Sin embargo, prosiguió sus estudios y en 1512 recibió el bonete de doctor en Teología. Asqueado de la escolástica (La escolástica se hallaba en plena decadencia y Lutero sufrió inconscientemente la nefasta influencia del nominalismo) como muchos de su generación, se inclinó preferentemente a los estudios bíblicos, no sin la persuasión de volver a un terreno abandonado. Ignoraba, por lo menos al principio, que el movimiento hacia la Biblia le era común con hombres como John Colet, en Oxford, Lefévre d'Etaples en París, y Erasmo, en diferentes ciudades empezó por comentar los Salmos en el año 1514. Luego, en 1516, pasó a la Epístola a los Romanos y en ella creyó hacer descubrimientos capitales para la reforma del dogma cristiano. Tenemos la certeza, dado que podemos ver la historia a vista de pájaro, de que Lutero leyó a San Pablo a través de las exigencias secretas e inconscientes de su temperamento desbordante y excesivo, devorado por escrúpulos e incesantes torturas. Hoy día llamamos a esta forma de interpretar «exégesis subjetiva », es decir, adecuación de los textos a la experiencia íntima. Su experiencia le revelaba que el pecado no puede ser vencido en nosotros porque es inherente a nuestra naturaleza y que la salvación sería imposible si consistiera en la purificación de todo pecado. Había llegado, en efecto, a confundir «sentir» y «consentir», a no poder distinguir entre la concupiscencia y el pecado y a considerar al hombre y demás criaturas como sometidas a un implacable fatalismo. Y le pareció encontrar en San Pablo no sólo la descripción exacta de su estado interior, sino también el remedio seguro a todas sus angustias. Orgulloso de su descubrimiento, intentó extenderlo a toda la Iglesia y hacer de él un principio de liberación, reforma y salvación universales. Parece, sin embargo, que no pensó en romper con la Iglesia. Sobrevino sin que él se diese cuenta. Pero, una vez en posesión de su doctrina, y, a pesar de numerosas fluctuaciones y modificaciones más o menos voluntarias y conscientes, no quiso desistir de ella.

La ocasión — sólo ocasión — de la ruptura fue el asunto de las Indulgencias. Existía alrededor de las concesiones de indulgencias un tráfico que hoy en día juzgamos con razón deplorable, pero que se había infiltrado poco a poco en la práctica de la Iglesia, y por motivos quizá casi elogiables. Esta vez se trataba de reunir fondos para la construcción de la basílica de San Pedro de Roma. Circularon por toda Alemania rumores de descontento y, hasta en las tabernas, se censuró la avidez romana. Lutero había ya atacado la doctrina de las indulgencias. Redactó rápidamente 95 Tesis que clavó en las puertas de la Colegiata de Wittemberg. Entre otras afirmaciones, podía leerse lo siguiente: «Los tesoros de las indulgencias son como redes para pescar los tesoros de los hombres... Si el Papa supiera las exacciones de los predicadores de indulgencias, preferiría que la basílica de San Pedro fuera reducida a cenizas, antes que construirla con la piel, la carne y los huesos de sus ovejas». La impresión producida fue enorme. Nadie se presentó a discutir las tesis de Lutero, pero se entabló una controversia escrita entre éste y los teólogos romanos. Martín Lutero, con su rudeza sajona, atropello primero a los teólogos e hizo frente después al legado del Papa, el cardenal Cayetano, en Augsburgo, y no pudiendo ceder a sus instancias ni avenirse a sus razones, lanzó primero una llamada «al Papa mejor informado» (22 de octubre de 1518) y luego pidió al Papa que reuniera un concilio general (28 de noviembre de 1518). Por otra parte, pronto la cuestión de las indulgencias pasó a segundo plano. Se trataba ahora del dogma, esencial para Lutero, de la certeza de la salvación por la fe sin necesidad de las obras. Cosa extraña, tras haber atacado la doctrina y la práctica de las indulgencias por «engendrar la seguridad», hizo de la «seguridad » por la fe el dogma central de sus enseñanzas. La disputa de Leipzig (27 junio-16 julio 1519), en lugar de arreglar las cosas, las agravó sobremanera.

El teólogo católico Juan Eck alegó contra Lutero las definiciones de los concilios, especialmente las del de Constanza contra Juan Huss. Lutero, antes que ceder, negó autoridad a los concilios, apoyándose únicamente en la Escritura. Desde entonces su condenación por Roma no ofrecía dudas. En aquel momento capital en su evolución, Lutero fue animado por una parte por los humanistas revolucionarios (Ulbrich de Hudten, Crotus Rubeanus) y por otra por los caballeros alemanes enemigos de Roma. Con estos apoyos se decidió a la ruptura. En su interior, ésta tuvo lugar el 10 de julio de 1520, pues en aquella fecha escribió: «La suerte está echada: yo desprecio el furor y el favor de Roma, no quiero reconciliación ni comunión con ellos en toda la eternidad». Y, el 17, en una segunda carta, explicaba: «Silvestre de Schaumberg y Franz Sickingen (dos caballeros revolucionarios alemanes) me han liberado de todo temor humano». De hecho, iba a encontrar ayuda mucho más eficaz en su propio soberano, el Elector de Sajonia, cuyas disposiciones secretas ignoraba Lutero. Formación de la iglesia protestante A partir de 1520 se precipitaron los acontecimientos. El 1 de agosto, Lutero publicó su manifiesto «A la nobleza cristiana alemana para la reforma del Estado cristiano». En él decía que todos los cristianos son iguales (sacerdocio universal), que todos tienen derecho a recurrir a la Biblia, cuya interpretación no está reservada a la Iglesia (biblicismo integral), que el emperador y los príncipes tienen más derecho que el Papa a convocar el concilio general (cesaropapismo). En octubre siguiente publicó su segundo gran escrito reformador: «Preludio sobre la cautividad babilónica de la Iglesia», en el que atacaba la doctrina de los sacramentos reduciéndolos a dos, Bautismo y Eucaristía, o a tres como máximo, añadiendo la penitencia. Finalmente, en noviembre, editó su folleto «La libertad del cristiano», una de las mejores exposiciones de su doctrina. Su doctrina es la siguiente: